5746 Sayılı Araştırma Ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanun İç Genelgesi (sıra No:2009/1)

Başkanlığımıza yansıyan olaylardan mükelleflerin, 5746 sayılı Kanun kapsamında kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan veya teknoloji geliştirme projesi anlaşmaları kapsamında uluslararası kurumlardan ya da kamu kurum ve kuruluşlarından Ar-Ge projelerini desteklemek amacıyla fon veya kredi kullanan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen ya da TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projeleriyle ilgili olarak teşvik hükümlerinden yararlanmaları için gerekli olan "destek karar yazısı" ve                   "proje sözleşmesi" ne ait işlemlerin bazı durumlarda Ar-Ge ve yenilik faaliyetlerinin başladığı sürede tamamlanamadığı belirtilerek, teşvik hükümlerinden yararlanamadıkları veya eksik yararlandıkları gerekçesiyle geçmişe yönelik düzeltme talebinde bulundukları anlaşılmış ve konuya ilişkin aşağıdaki açıklamalar yapılmıştır.

5746 sayılı Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesi Hakkında Kanunun "İndirim, istisna, destek ve teşvik unsurları" başlıklı 3 üncü maddesinin birinci fıkrasına göre, teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge merkezlerinde, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan veya teknoloji geliştirme projesi anlaşmaları kapsamında uluslararası kurumlardan ya da kamu kurum ve kuruluşlarından Ar-Ge projelerini desteklemek amacıyla fon veya kredi kullanan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen Ar-Ge ve yenilik projelerinde, rekabet öncesi işbirliği projelerinde ve teknogirişim sermaye desteklerinden yararlananlarca gerçekleştirilen Ar-Ge ve yenilik harcamalarının tamamı ile 500 ve üzerinde tam zaman eşdeğer Ar-Ge personeli istihdam eden Ar-Ge merkezlerinde ayrıca o yıl yapılan Ar-Ge ve yenilik harcamasının bir önceki yıla göre artışının yarısı, 5520 sayılı Kurumlar Vergisi Kanununun 10 uncu maddesine göre kurum kazancının ve 193 sayılı Gelir Vergisi Kanununun 89 uncu maddesi uyarınca ticari kazancın tespitinde indirim konusu yapılacaktır.

Aynı maddenin ikinci fıkrasında ise, kamu personeli hariç olmak üzere teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge merkezlerinde, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan veya teknoloji geliştirme  projesi  anlaşmaları  kapsamında  uluslararası  kurumlardan  ya  da kamu kurum ve kuruluşlarından Ar-Ge projelerini desteklemek amacıyla fon veya kredi kullanan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen ya da TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projelerinde, teknogirişim sermaye desteklerinden yararlanan işletmelerde ve rekabet öncesi işbirliği projelerinde çalışan Ar-Ge ve destek personelinin, bu çalışmaları karşılığında elde ettikleri ücretlerinin doktoralı olanlar için yüzde doksanı, diğerleri için yüzde sekseninin gelir vergisinden müstesna olduğu, 5838 sayılı Kanunla 193 sayılı Gelir Vergisi Kanununa eklenen geçici 75 inci madde ile de, 31/12/2013 tarihine kadar, Ar-Ge ve destek personelinin, bu çalışmaları karşılığında elde ettikleri ücretleri üzerinden asgari geçim indirimi uygulandıktan sonra hesaplanan gelir vergisinin; doktoralı olanlar için yüzde 90'ı, diğerleri için yüzde 80'inin verilecek muhtasar beyanname üzerinden tahakkuk eden vergiden indirilmek suretiyle terkin edileceği belirtilmiştir.

Konuya ilişkin olarak yayımlanan "Araştırma ve Geliştirme Faaliyetlerinin Desteklenmesine İlişkin Uygulama ve Denetim Yönetmeliği"nin 8/1 inci maddesinde; teknoloji merkezi işletmelerinde, Ar-Ge merkezlerinde, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan vakıflar tarafından veya uluslararası fonlarca desteklenen Ar-Ge ve yenilik projeleri ile rekabet öncesi işbirliği projelerinde ve teknogirişim sermaye desteklerinden yararlanan işletmelerce gerçekleştirilen Ar-Ge ve yenilik harcamalarının tamamının 31/12/2023 tarihine kadar Kurumlar Vergisi Kanununun 10 uncu maddesine göre kurum kazancının ve Gelir Vergisi Kanununun 89 uncu maddesi uyarınca ticari kazancın tespitinde indirim konusu yapılacağı belirtilmiştir.

Yönetmeliğin 20/1 inci maddesinde ise; Ar-Ge ve yenilik projelerinin, başvuru yapılan kamu kurumu veya kuruluşu ile kanunla kurulan vakıflar tarafından kendi mevzuatına göre değerlendirileceği belirtilmiş, teknoloji merkezi işletmeleri ile Ar-Ge merkezlerinde yürütülen, kamu kurum ve kuruluşları ile kanunla kurulan vakıflar tarafından desteklenen veya TÜBİTAK tarafından yürütülen Ar-Ge ve yenilik projelerinin yeniden incelemeye tabi tutulmaksızın, Ar-Ge ve yenilik projelerine yönelik destek karar yazısının düzenlendiği veya proje sözleşmesinin yürürlüğe girdiği tarih itibarıyla Kanunla sağlanan destek ve teşvik unsurlarından yararlanabileceği ifade edilmiştir.